Musim kedua World Trigger kembali mengikuti organisasi pertahanan Border, yang dibentuk untuk menghadapi serangan para Neighbor, makhluk dari dunia lain dengan kekuatan misterius. Di tengah ancaman yang terus membayangi, Border juga memiliki persaingan internal yang tak kalah sengit. Osamu Mikumo bertekad menembus peringkat atas demi kesempatan bergabung dengan pasukan ekspedisi menuju dunia Neighbor. Bersama Yuma Kuga, seorang Neighbor yang ia temui secara tak terduga, serta Chika Ametori, sahabat masa kecilnya, Mikumo Squad berjuang keras dalam pertarungan peringkat yang menguji strategi, kerja sama, dan tekad mereka.