Alur Cerita:

Bangsa Gamilan menghadapi rintangan terbesar mereka: planet mereka sekarat dengan kecepatan yang mengkhawatirkan. Untuk menyelamatkan rakyatnya dan memindahkan mereka ke tanah yang layak huni, Aberdt Desler berpura-pura tunduk pada kekuasaan yang menindas di planet Galman, yang dihuni oleh ras yang hampir identik dengan bangsa Gamilan. Tujuan sebenarnya Desler adalah untuk menguasai dan mempercepat penyelamatan bangsanya. Namun, saat bangsa Gamilan memulai migrasi mereka, kekuatan besar yang tidak dikenal menyerang mereka dan sepenuhnya mengubah planet kembaran mereka—Iscandar, rumah Ratu Starsha. Sementara itu, Bumi merayakan keberhasilan Kapal Perang Luar Angkasa Yamato yang luar biasa dan awaknya yang heroik. Generasi baru rekrutan yang menjanjikan bergabung dengan Yamato dan dua kapal pendukung barunya, yang dipimpin oleh Yuki Mori dan Shirou Sanada. Namun, tidak semua orang setuju dengan keputusan masa lalu kaptennya, Susumu Kodai. Selama misi pelatihan Yamato selama enam bulan dan pertemuan diplomatik dengan suku Gamilan, para awak mengetahui bencana baru-baru ini, dan melawan semua perintah, Kodai memerintahkan armada ke Iscandar untuk membantu para pengungsi yang selamat.