Alur Cerita:

Di Academy City, para esper diklasifikasikan ke dalam enam level, dari Level 0 yang nyaris tanpa kekuatan hingga Level 5 yang memiliki kemampuan luar biasa. Dari jutaan esper yang tinggal di sana, hanya tujuh orang yang berhasil mencapai Level 5, dan yang terkuat di antaranya dikenal dengan nama Accelerator. Kisah ini mengikuti Accelerator setelah ia melindungi Last Order yang ceria, namun harus membayar mahal dengan berkurangnya kekuatannya. Saat menjalani pemulihan di rumah sakit, hidupnya sempat berjalan tenang sampai ia menyelamatkan Estelle Rosenthal, gadis misterius yang membawa foto Last Order. Sejak itu, Accelerator terseret ke konflik baru ketika organisasi gelap bernama Disciplinary Action mulai bergerak, berniat memanfaatkan Last Order untuk misi berbahaya. Dengan ancaman yang kian mendekat, Accelerator dan rekan barunya harus menjaga Last Order sekaligus melindungi Academy City dari rencana yang mengintai.