Alur Cerita:

Satoshi dan teman-temannya tersesat di tanah tandus yang tidak dikenal. Mereka akhirnya menemukan "Pertunjukan Pokémon Air" yang dibawakan oleh bintang dari Mariner Troupe, Hiromi. Hiromi adalah keturunan dari kelompok Bangsa Air yang mampu berkomunikasi dengan Pokémon air, dan dia menceritakan kepada para pahlawan kita legenda yang telah diwariskan oleh bangsanya selama beberapa generasi. Menurut legenda, sebuah kuil yang dibangun oleh Bangsa Air yang disebut "Kuil Air Akuusha" terletak di suatu tempat di lautan, dan sebuah harta karun yang disebut "Mahkota Air" tersembunyi di sana. Konon, belum pernah ada yang melihat harta karun ini, tetapi itu berubah ketika seorang Penjaga Pokémon bernama Jack Walker (alias Jackie) muncul untuk mengejarnya. Jackie sedang menjalankan misi rahasia yang mengharuskannya melindungi telur pemimpin Pokémon air, Manaphy. Pokémon ini, yang disebut "Pangeran Laut," perlu dibawa ke Kuil Air Akuusha, jadi Satoshi-tachi dan Hiromi memutuskan untuk membantunya. Di sepanjang jalan, seorang bajak laut bernama Phantom menyerang para pahlawan kita dari kapal selamnya yang besar. Phantom berencana menggunakan kekuatan Mahkota Air untuk membantunya menaklukkan dunia, tetapi ia harus memecahkan misteri telur Manaphy terlebih dahulu. Ketika Rocket-Dan ikut campur, Jackie menggunakan Capture Styler-nya untuk meminjam kekuatan Pokémon di dekatnya untuk melawan mereka. Satoshi dan Pikachu ikut serta, tetapi mereka masih harus menghadapi serangan mecha berteknologi tinggi Phantom yang sangat kuat! Tiba-tiba, telur itu mulai bersinar dengan cahaya terang, dan Manaphy lahir! Apa misteri harta karun legendaris itu? Kekuatan misterius apa yang dimiliki Manaphy? Bisakah Satoshi-tachi dan Jackie menyelesaikan misi rahasia mereka? Perjalanan menuju Kuil Air Akuusha telah dimulai!