Alur Cerita:

Kisah Mushi-uta berlatar di masa depan yang tidak terlalu jauh. Sepuluh tahun sebelum cerita dimulai, makhluk aneh mirip serangga yang dikenal sebagai "Mushi" mulai muncul. Mushi mampu menyerap mimpi dan pikiran manusia sebagai imbalan atas kekuatan supernatural. Di akhir episode pertama, protagonis Daisuke "Kakkou" Kusuriya bertemu dengan seorang gadis muda bernama Shiika Anmoto. Seiring waktu, keduanya menjadi sangat dekat. Namun, tanpa sepengetahuan Kakkou, Shiika adalah buronan dari penjara rahasia yang dikenal sebagai GARDEN, tempat mereka yang dirasuki Mushi, yang dikenal sebagai Mushitsuki, ditahan. Pasukan militer GARDEN, Kantor Eksekutif Konservasi Lingkungan Khusus, mengirimkan pembunuh terbaiknya untuk melacak Shiika. Namun, mereka menghadapi perlawanan dari organisasi perlawanan Mushibane, yang dipimpin oleh "Ladybird" yang penuh rahasia.