Alur Cerita:

Suatu malam, Madoka Kaname yang berusia 14 tahun dihantui mimpi buruk. Di tengah kota yang hancur, ia melihat seorang gadis bertarung sia-sia melawan sosok mengerikan, sementara makhluk magis mirip kucing mengatakan bahwa satu-satunya cara mengubah akhir tragis itu adalah dengan membuat kontrak dengannya dan menjadi gadis penyihir. Keesokan harinya, mimpi itu terasa menjadi nyata ketika gadis yang dilihat Madoka, Homura, muncul sebagai murid pindahan di SMP Mitakihara dan memperingatkannya untuk tetap seperti sekarang. Tak lama kemudian, Madoka dan sahabatnya, Sayaka, bertemu Kyubey, makhluk yang sama dari mimpi tersebut, dan mengetahui bahwa gadis penyihir benar-benar ada. Mereka pun ditawari pilihan: menandatangani kontrak untuk melawan para “witch” yang menyebarkan keputusasaan di dunia manusia, dan sebagai gantinya, satu permohonan apa pun akan dikabulkan. Namun, seperti peringatan Homura, jalan menjadi gadis penyihir mungkin menyimpan konsekuensi yang jauh lebih besar dari yang mereka bayangkan.