Alur Cerita:

Meskipun keinginan Sayaka Miki terpenuhi, konsekuensi tak terduga yang menyertainya membuatnya kewalahan, menyebabkan permata jiwanya ternoda saat ia menyerah pada keputusasaan dan akhirnya kehilangan kemanusiaannya. Homura Akemi mengungkapkan kepada Kyouko Sakura dan Madoka Kaname nasib akhir para gadis penyihir: begitu permata jiwa mereka ternoda, ia berubah menjadi Benih Kesedihan, dan mereka terlahir kembali sebagai penyihir—kebenaran yang Homura pelajari hanya dengan mengulang sejarah berkali-kali dalam upaya untuk mencegah tragedi Madoka. Kyuubey hanya memperparah keputusasaan mereka saat ia mengakui niatnya yang sebenarnya: untuk memanfaatkan energi yang diciptakan oleh para gadis penyihir dan menggunakannya untuk memperpanjang umur alam semesta. Saat ancaman Walpurgisnacht, seorang penyihir yang kuat, membayangi, Homura sekali lagi bersumpah untuk melindungi Madoka dan dunia dari nasib buruk. Terjebak antara menghormati keinginan Homura dan menyelamatkan dunia, mana yang akan dipilih Madoka pada akhirnya? Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 2: Eien no Monogatari adalah kisah tentang takdir yang tak terhindarkan, dan seorang pahlawan tak terduga yang dapat mengubah semuanya.