Alur Cerita:

Nanoha Takamachi, seorang siswi kelas tiga biasa yang senang menghabiskan waktu bersama keluarga dan teman-temannya, menyelamatkan seekor musang yang terluka yang ia impikan malam sebelumnya. Keesokan harinya, musang itu berteriak kepadanya secara telepati, meminta Nanoha untuk menyelamatkannya. Musang itu mengungkapkan dirinya sebagai Yuuno Scrya, seorang penyihir dari dunia lain yang mencoba mengumpulkan 21 Benih Permata berbahaya yang secara tidak sengaja ia sebarkan di seluruh dunia. Ia meminta bantuan Nanoha, memberinya tongkat sihir Raising Heart, dan mengajarinya cara menjadi penyihir yang kuat. Beberapa hari kemudian, setelah mendapatkan kembali beberapa Benih Permata, penyihir lain muncul: Fate Testarossa. Lebih kuat dari Nanoha, Fate menolak untuk mengungkapkan alasannya dalam upaya mengumpulkan Benih Permata. Nanoha merasakan kesedihan di matanya, tetapi Fate menolak untuk berkomunikasi. Disutradarai oleh Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha adalah kisah tentang benturan emosi ketika tujuan bertabrakan.