Alur Cerita:

Setelah SMA Putri Uranohoshi ditutup, para siswa tahun ketiga—Dia Kurosawa, Kanan Matsuura, dan Mari Ohara—baru saja lulus, sehingga Aqours hanya memiliki siswa tahun pertama dan kedua. Saat mencari tempat baru untuk berlatih bagi para anggota yang tersisa, mereka memutuskan untuk mengunjungi sekolah baru yang akan segera mereka masuki. Namun, yang mengejutkan mereka, gedung itu tampaknya terbengkalai! Ternyata karena kekhawatiran dewan sekolah mengenai bagaimana siswa Uranohoshi yang baru dipindahkan dapat membebani klub, mereka malah dikirim ke sekolah cabang. Hal ini membuat Aqours memiliki tujuan baru—untuk membuktikan bahwa siswa Uranohoshi juga serius dengan klub mereka. Sementara itu, masalah lain muncul: para siswa tahun ketiga tiba-tiba menghilang selama perjalanan kelulusan mereka! Love Live! Sunshine!! The School Idol Movie: Over the Rainbow berkisah tentang anggota Aqours yang tersisa saat mereka berusaha mencari para senior mereka yang hilang dan, pada saat yang sama, mencoba mencari cara untuk mengubah pikiran sekolah baru tersebut.