Musim ketiga Kimi ni Todoke melanjutkan kisah setelah Sawako akhirnya berani menghadapi perasaannya dan menyatakan cinta pada Kazehaya. Tersentuh oleh ketulusan serta usaha-usaha kecil Sawako yang sering tak disadari orang lain, Kazehaya pun jujur mengungkapkan perasaannya. Dari sini, hubungan baru mereka pun dimulai. Sebagai sepasang kekasih, mereka menjalani kencan pertama, hari-hari sekolah yang kini terasa berbeda, serta momen-momen manis yang bercampur canggung dan malu. Di tengah langkah yang pelan namun pasti untuk saling mengenal lebih dalam, berbagai tantangan baru ikut muncul, sementara kisah cinta teman-teman mereka perlahan ikut berkembang. Sebuah cerita remaja yang hangat, getir, dan menyentuh, terjalin dari romansa yang tumbuh dan persahabatan yang berharga.