Alur Cerita:

Musim kedua Kamisama Hajimemashita kembali mengikuti Nanami Momozono bersama para familiar-nya, Tomoe dan Mizuki, setelah melewati berbagai cobaan sejak ia menjadi dewi pelindung Kuil Mikage. Undangan dari dewa angin Otohiko membawa Nanami ke Sidang Para Dewa di Izumo, tanah tempat para dewa berkumpul. Nanami pun berangkat ditemani Mizuki, sementara Tomoe terpaksa menyamar sebagai dirinya di sekolah. Namun, kepergian Nanami bukan sekadar memenuhi undangan, ia diam-diam ingin mencari petunjuk tentang keberadaan Mikage, dewa sebelumnya yang menghilang. Sepulang dari Izumo, Nanami bertemu Botanmaru, anak tengu yang sedang mencari Kurama, sang pangeran yang kini hidup sebagai idola. Botanmaru memohon agar Kurama kembali ke Gunung Kurama untuk menghentikan kekuasaan Jirou yang menindas, tetapi Nanami segera menyadari ada ancaman yang jauh lebih kelam bersembunyi di balik konflik itu. Di tengah pemberontakan tengu, perasaan Nanami pada Tomoe yang makin tumbuh, serta kemunculan sosok misterius yang terkait dengan masa lalu Tomoe dan masa depan Nanami, perjalanan Nanami sebagai dewi pemula pun semakin rumit dan menegangkan.