Alur Cerita:

Musim kedua Isekai wa Smartphone to Tomo ni kembali mengikuti Touya Mochizuki yang makin terbiasa dengan kehidupan barunya di dunia lain. Berbekal smartphone andalannya, ia menjalani berbagai permintaan kecil dengan santai sambil menikmati hari-hari bersama para tunangannya: Yumina, Yae, serta si kembar Linse dan Elze. Namun di balik suasana yang terasa ringan, Touya perlahan menyadari bahwa pertunangan itu membawa tanggung jawab yang tak bisa dianggap sepele. Di saat yang sama, peri senior bernama Lean memintanya membantu mencari sisa-sisa Babylon, pulau melayang ciptaan Profesor Regina Babylon lima ribu tahun lalu. Meski sempat ragu, Touya pun menelusuri lingkaran teleportasi yang dapat mengantarnya ke pulau-pulau tersebut. Tapi pencarian itu segera berubah menjadi ujian besar ketika kemunculan monster-monster aneh mengancam ketenangan dunia, memaksa Touya memanfaatkan teknologi kuno untuk bertarung, sambil tetap menjaga keseimbangan di tengah hubungan-hubungannya yang kian rumit.