Alur Cerita:

Seratus tahun setelah pergeseran lempeng tektonik yang dahsyat menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi dengan baik berjejer di sepanjang pantai Jepang, dan jalur laut yang berkembang dengan baik dilindungi oleh kapal-kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan para gadis muda bersemangat untuk bergabung dengan Blue Mermaids—wanita-wanita terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi laut. Setelah beberapa waktu berpisah, teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China bertemu kembali di Sekolah Menengah Atas Kelautan Putri Yokosuka. Di sana mereka bergabung dengan orang lain yang memiliki mimpi yang sama untuk menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka ditugaskan untuk memimpin kapal dan awak mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar bagi Akeno saat ia menyesuaikan diri dengan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan di antara sesama awak kapal di atas Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awak kapal dalam bahaya. High School Fleet mengikuti kru Harekaze yang gagah berani saat mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lainnya dalam perjalanan mereka untuk menjadi Putri Duyung Biru sejati.