Alur Cerita:

Setelah pertempuran sengit dan banyak korban jiwa, manusia akhirnya membunuh Godzilla—monster yang menyebabkan umat manusia meninggalkan Bumi 20 ribu tahun sebelumnya. Tetapi makhluk yang dibunuh pasukan Haruo Sakaki itu tidak sendirian; ada Godzilla lain di Bumi yang belum dikalahkan. Terluka parah akibat konflik pertama, Sakaki terbangun di rumah seorang gadis muda yang merupakan anggota suku Houtua. Memiliki kemiripan yang mengejutkan dengan manusia, suku Houtua telah beradaptasi untuk bertahan hidup di iklim planet yang telah lama ditinggalkan. Dengan sebagian besar sumber daya mereka habis, anggota pasukan khusus Sakaki yang tersisa bergumul dengan keputusan untuk meninggalkan misi dan planet asal mereka atau untuk melawan pertempuran yang mustahil. Namun, harapan belum sepenuhnya hilang, karena anggota ras alien Bilusaludo menemukan sisa-sisa senjata anti-Godzilla mereka, Mechagodzilla. Bahkan dengan senjata ampuh ini di gudang senjata mereka, kemenangan tampaknya mustahil untuk diraih: Godzilla telah menghabiskan seluruh waktu ini untuk berevolusi dan mempersiapkan diri untuk mengalahkan siapa pun yang berani menantang superioritasnya.