Kisah ini mengikuti Haruka Nanase, seorang anak yang selalu merasa paling hidup saat berada di dalam air. Semasa sekolah dasar, ia pernah berlaga di turnamen renang bersama tiga sahabatnya, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki, dan Rin Matsuoka. Kemenangan yang mereka raih menjadi kenangan manis terakhir sebelum mereka berpisah dan menempuh jalan masing-masing. Bertahun-tahun kemudian, di tengah hari-hari SMA yang berjalan biasa saja, Rin tiba-tiba muncul dan menantang Haruka, memperlihatkan kemampuan yang kini jauh melampaui dirinya. Tak mau semuanya berakhir begitu saja, Haruka kembali mengumpulkan Makoto dan Nagisa, lalu mengajak Rei Ryugazaki bergabung untuk membentuk Klub Renang SMA Iwatobi, dengan satu tujuan: menantang Rin sekali lagi.