Alur Cerita:

Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi berlatar satu tahun setelah kekalahan Bagramon dan kawan-kawan. Sejak saat itu, Taiki Kudou dan Yuu Amano membentuk tim bola basket bersama teman sekelas Yuu, Tagiru Akashi. Suatu hari, Tagiru menemukan area aneh bernama DigiQuartz, alam aneh dan tidak stabil yang ada di antara dunia manusia dan dunia digital. Ia kemudian menyadari bahwa anak-anak di seluruh dunia telah memperoleh Xros Loader serta Digimon partner untuk berpartisipasi dalam kompetisi yang disebut 'Perburuan Digimon'. Digimon yang berkeliaran dari dunia digital ke DigiQuartz mampu menyerap emosi negatif yang bocor dari dunia manusia. Hal ini membuat Digimon menjadi lebih kuat dengan mengorbankan sifat mereka yang sangat ganas. Akibatnya, para Pemburu Digimon harus bekerja untuk menghentikan Digimon ini dari menimbulkan kekacauan di dunia manusia. Bersama Gumdramon yang suka membuat onar, Tagiru bercita-cita menjadi Pemburu Digimon terbaik, tanpa menyadari koneksi Digimon Taiki dan Yuu sebelumnya. Namun, kekuatan jahat mengintai dengan terciptanya DigiQuartz, dan para Pemburu muda akan segera menyadari bahwa Perburuan Digimon jauh lebih dari sekadar permainan sederhana...