Alur Cerita:

Anak-Anak Terpilih terkejut setelah pengkhianatan Meicoomon, monster digital yang baru saja bergabung dengan kelompok mereka bersama partner manusianya, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi bertekad untuk mendiagnosis infeksi yang menguasai Meicoomon. Sementara itu, Takeru Takaishi menyadari bahwa partnernya sendiri, Patamon, mulai menunjukkan gejala yang mengkhawatirkan yang mirip dengan Digimon lain yang terinfeksi, seperti Meicoomon. Saat itu juga, Anak-Anak Terpilih menerima pesan dari entitas misterius Homeostasis, yang memberi tahu mereka bahwa dunia mereka berada dalam bahaya kehancuran total—dan Dunia Digital, rumah para Digimon, juga. Homeostasis berencana untuk melakukan "Reboot," yang akan mengatur ulang semua data yang membentuk Dunia Digital dan membasmi infeksi. Namun, Reboot juga akan menghapus ingatan semua Digimon, termasuk partner Anak-Anak Terpilih. Dapatkah Anak-Anak Terpilih menghentikan Meicoomon sebelum Reboot diperlukan, atau apakah ini akhir dari waktu mereka bersama Digimon mereka?