Kudo Shinichi, detektif SMA berusia 17 tahun yang dijuluki “Sherlock Holmes modern”, menikmati kencan bersama sahabat masa kecilnya, Ran, sebelum tanpa sengaja menyaksikan transaksi ilegal. Ia disergap, dibuat pingsan, lalu dipaksa menelan obat yang seharusnya merenggut nyawanya. Namun saat terbangun, Shinichi justru mendapati dirinya menyusut menjadi anak berusia tujuh tahun. Demi memburu pelaku di balik kejadian itu, Shinichi menyembunyikan identitasnya dan tinggal bersama Ran serta ayahnya, seorang detektif yang kerap ceroboh. Di balik penyamarannya, ia terus menghadapi rangkaian kasus pembunuhan dan teka-teki rumit, memaksa kecerdasannya bekerja tanpa henti sambil perlahan mendekati kebenaran yang mengubah hidupnya.