Alur Cerita:

12.000 tahun setelah peristiwa di Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman konstan makhluk trans-dimensi yang disebut Penculik. Musuh-musuh ini berasal dari bintang saudara Vega, Altair, dan menyerang Vega untuk mengambil nyawa manusia. Sebagai tindakan balasan, sebuah organisasi bernama Neo-DEAVA dibentuk untuk memerangi para Penculik. Mereka mengemudikan mecha suit canggih yang disebut Aquaria dan dipisahkan secara ketat berdasarkan jenis kelamin. Laki-laki dan perempuan tidak diperbolehkan berhubungan; mereka bahkan dilarang bertarung di medan perang yang sama. Namun, peristiwa berubah secara mengejutkan ketika sebuah mecha suit Penculik canggih bergabung dalam pertempuran. Dua remaja, Mikono dan Amata, terseret ke dalam konflik. Tanpa disadari, Amata melakukan tindakan tabu ketika ia memanggil Aquaria dan memulai apa yang disebut Persatuan Terlarang antara Aquaria laki-laki dan perempuan. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amata jauh lebih luas daripada yang ia sadari. Bagaimana ia bisa memanggil Aquaria? Di mana dia belajar membentuk Persatuan Terlarang? Dan mengapa Mikono juga mampu mengemudikan mecha suit?